会社法において、会計監査人監査が義務付けられるのは以下（1）～（3）の会社です。

会社法と旧商法との大きな相違は、大会社や委員会設置会社以外の会社に関しては、旧商法ではみなし大会社制度により資本金1億円超の会社のみ会計監査人監査を選択できたのに対し、会社法においてはどのような規模の会社であっても、会計監査人を機関として定款に記載することで任意に設置でき、会計監査人監査を受けることができるという点です。会計監査人を設置すること自体は任意ですが、いったん設置した場合には、会計監査人監査が法定監査として義務付けられることとなります。

大会社については、旧商法と同様会社法においても、会計監査人監査が義務付けられていますが（会328 I、Ⅱ）、「大会社」については、会社法2条に定義されています。

大会社の定義中の「最終事業年度に係る貸借対照表」とは、定時株主総会で承認または報告された貸借対照表（最初の定時株主総会を経ていない場合には、会社成立日の貸借対照表）を指します。例えば、2006年3月期において負債合計が200億円未満の会社が、2007年3月期の貸借対照表において負債合計が200億円以上となった場合（資本金は従来より5億円未満と仮定）、その貸借対照表が承認、報告される2007年6月の定時株主総会で、2008年3月期より大会社の要件に該当することが確定し、会計監査人選任等の対応をとることが必要になります。

なお、資本金または負債の金額が変動した場合の会社法と旧商法の扱いをまとめると、以下のとおりとなります。大会社の基準として資本金の額および負債の額が用いられているのは、旧商法と同様ですが、負債合計が200億円未満になったときの扱いに相違がありますので、ご留意ください。

会社法においては以下の条文のとおり、機関設置が大幅に柔軟化されています（会社法328条は省略）。

会社法326条1項においては、どのような会社でも定款の定めにより会計監査人を設置することが可能としていますが、会社法327条3項で会計監査人設置会社は、監査役を置くことを義務付けています。まとめると、会計監査人を任意設置できるケースは、以下の4パターン（会計参与を加えると8パターン）となります。